かなり偏屈なやり方だと思いますが、ご紹介させていただきます。

私の場合、リファレンス度の高い書籍ほど、「自炊」すなわち、カッターで切って、スキャナーで取り込み、検索・引用し易い形で保存してあります。
Kindleでも同じことはできますが、かならず「新刊」で買わなければなりませんので、コスト高になります。
紙の書籍は、古本屋で安く買うことができますので、気兼ねなく、バサバサと切って、取り込むことができるわけです。
また、Kindle本は、1冊ごとに引用できる(コピペできる)容量に限界がありますので、それを越えると、引用ができなくなります。これでは使いづらいわけです。